Храм возведен в 1527-1528 гг. на средства новгородских и московских купцов. В XVIII в. храм был перестроен. В 1899 г. храм Николая Чудотворца был почти полностью разобран. В 1962 г. проводились реставрационные работы.
В 1969-1970 гг. проводились обмеры и исследования храма.
Информация из Единого государственного реестра объектов культурного наследия:
Наименование объекта: «Церковь Филиппа Митрополита (Апостола)»
Регистрационный номер: 531510338780006