Приход храма впервые упоминается в 1624 году, но существует с конца XV века. Церковь первоначально была деревянной. По клировым ведомостям первый каменный храм заложен в 1681 году, освящен в 1683 году.
Существующее здание церкви с главным алтарем построено в 1805 году, трапезная с приделами – в 1847 году. Колокольня постройки 1681-1683 гг. в 1847 году была перестроена и получила новый архитектурный декор.
Главный придел освящен во имя Святителя Николая Мирликийского Чудотворца. Южный придел – во имя Преподобного Сергия Радонежского, известен с 1722 года.
Северный придел был устроен в 1766 году во имя священномученика Василия Амасийского. В 1849 году этот придел был заново освящен святителем Филаретом (Дроздовым) в честь праздника Введения во храм Пресвятой Богородицы.
После революции, в годы гонений храм не закрывался.
С 1992 года является основным храмом Православного Свято-Тихоновского Гуманитарного Университета.
1 апреля 2012 года Святейший Патриарх Кирилл совершил Великое освящение главного и Сергиевского приделов.
После разрушения в 1930-е годы Никольского храма в Садовниках образ Божией Матери «Утоли моя печали» перенесли в храм Святителя Николая в Кузнецкой слободе, где он находится и ныне в северном приделе. Реставрация образа была осуществлена в середине прошлого века прихожанкой Николо-Кузнецкого храма, иконописцем, художником-реставратором и профессором ПСТГУ Ириной Васильевной Ватагиной.