Храм возведен в Коломенском в 1528—1532 гг. по проекту итальянского архитектора Петрока Малого, на средства Великого князя Московского Василия III. Согласно легенде устройство храма связанно с рождением сына Василия Ивана. Местом для строительства был выбран крутой берег Москвы-реки, где находился чудодейственный источник. В конце лета 1532 г. работы по строительству были завершены, а уже 3 сентября состоялось освящение храма. Первоначальное убранство интерьера храма не сохранилось. В 1866—1867 гг. под руководством архитектора Н. А. Шохина в храме проводились ремонтные работы. В 1873 г. архитектором Н. Ф. Кольбе стены подклета были перелицованы новым кирпичом, настелены новые полы на папертях. В 1970-х гг. из-за устройства бетонной набережной, заболотился берег и образовались промоины, что стало причиной оползней под храмом в 1981 г. и в 1987 г. Весь храм оказался расколотым трещинами. Трещины были заделаны кирпичом.